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NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR 模块 收藏
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相关产品:
NEBNext® ARTIC SARS-CoV-2 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)
产品特点:
概述:
目前对 SARS-CoV-2 测序的可靠性和准确性的要求日益增长,为了满足上述需求,NEB 推出 NEBNext® ARTIC 文库制备试剂盒。这些试剂盒根据 ARTIC Network(1)原始流程开发,采用多重扩增子的方法对病毒进行全基因组测序。
产品描述:
SARS-CoV-2 RT-PCR 扩增性能优越。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNA(ThermoFisher QS0639)中的 10 – 10,000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝(ATCC VR-1986 和 VR-1991)。使用 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池对起始样本进行多重扩增子扩增。使用 Qubit™ dsDNA BR Assay Kit(ThermoFisher Q32850)测定平均扩增子产量。
在 Illumina 平台使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 引物池,可提高基因组覆盖度。基因组数据可视化图(IGV)显示了 SARS-CoV-2 基因组的覆盖度。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNA(ThermoFisher QS0639)中的 1,000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝(ATCC VR-1986 和 VR-1991)。分别使用两种引物对起始样本进行多重扩增子扩增:IDT ARTIC nCoV-2019 V3 Panel(“Standard”)和 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池。建库试剂为 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)。使用 MiSeq® (2 x 75 bp)测序。测定每个碱基的覆盖深度,向下抽样(seqtk)Reads 数,使用 Bowtie 2 比对至 SARS-CoV-2 参考基因组(NCBI, NC_045512)。
在 Oxford Nanopore Technologies 平台使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 引物池,完全覆盖基因组所需的 Reads 数更少。IGV 图显示了 SARS-CoV-2 基因组的覆盖度。使用 IDT ARTIC nCoV-2019 V3 Panel(“Standard”)或 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池,100 ng 人类通用参考 RNA(ThermoFisher QS0639)中的 1000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝(ATCC VR-1986 和 VR-1991)作为起始样本制备扩增子。使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 配套试剂盒(Oxford Nanopore Technologies)、Oxford Nanopore Technologies Native Barcoding Expansion kits 1-12(EXP-NBD104)、1 3-24 (EXP-NBD114)、Ligation Sequencing Kit(EXP-NBD114)、Ligation Sequencing Kit(SQK-LSK109)和 SFB Expansion Kit(EXP-SFB001)制备文库。使用 R9.4.1 flow cells 在 GridION 仪器上进行测序,并使用 Minimap2 比对数据。
NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR 模块流程