合成寡核苷酸用于多种分子生物学技术，例如 DNA 测序、定点诱变、DNA 扩增和原位杂交。测量寡核苷酸和 ssDNA 浓度的*常用技术是测定 260 nm (A260) 处的吸光度。然而，吸光度法受到核酸制剂中常见的各种污染物的极大干扰，包括核苷酸、双链核酸和蛋白质。 Helixyte Green ssDNA 定量试剂是定量 ssDNA 和寡核苷酸的**替代品，它的灵敏度和选择性大大提高。 Helixyte Green ssDNA 试剂是一种带正电荷的荧光探针，它与 ssDNA 的疏水基团结合，通过疏水力、氢键和静电相互作用的协同作用形成高度发光的复合物。 Helixyte Green ssDNA 试剂具有极低的固有荧光，与 ssDNA 结合后固有荧光明显增强。它使研究人员能够使用标准分光光度计和荧光素激发和发射波长对低至 100 pg/mL 的寡核苷酸或 ssDNA (~500 pg/mL) 进行定量。这种灵敏度比吸光度法高出几个数量级。可使用荧光酶标仪检测低至 1 ng/mL 的寡核苷酸或 ssDNA。 Helixyte Green ssDNA 试剂具有从 100 pg/mL 到 1 μg/mL 的较大线性检测范围。

适用仪器

产品说明书

实验方案

概述

1.添加 100 µL 核酸标准品或测试样品
2.添加 100 µL Helixyte Green ALL溶液
3.在室温下孵育 5-10 分钟
4.检测Ex/Em=490/525 nm 处的荧光强度

注：以下方案是使用 Helixyte Green ssDNA 定量 ssDNA 的示例。打开前让所有成分升至室温。没有关于 Helixyte Green ssDNA 染色剂的致突变性或毒性的数据。由于该试剂与核酸结合，因此应将其视为潜在的诱变剂并小心处理。应特别小心处理 DMSO 原液，因为已知 DMSO 可促进有机分子进入组织。

溶液制备
ssDNA 标准溶液
将 10 uL 100 ug/mL ssDNA 标准溶液（未提供）添加到您选择的 190 uL 缓冲液中以获得 5 ug/mL 标准溶液，然后进行 1:3 稀释以获得连续稀释的 ssDNA 标准 (SS2-SS7) .请使用AAT Bioquest连续稀释计算器以方便数据处理。

Helixyte Green ssDNA 工作溶液
将 100 μL Helixyte Green ssDNA 试剂加入您选择的 10 mL 缓冲液中，制备 Helixyte™ Green ssDNA 工作溶液。 通过用箔纸覆盖或将其置于黑暗中来保护工作溶液免受光照。
注意：建议在塑料容器而不是玻璃容器中制备工作溶液，因为染料可能会吸附到玻璃表面。 为获得*佳效果，该溶液应在稀释后几小时内使用。
注意：10 mL 的工作溶液对于一个 96 孔板就足够了。
注意：10 mM Tris-HCl (pH 8.0) 和 0.1 mM EDTA 可用于制备工作溶液和标准品。

操作步骤

表 1. ssDNA 标准品和测试样品在纯黑色 96 孔板中的布局。 SS= ssDNA 标准品（SS1 – SS7，1667 至 2.3 ng/mL）； BL=空白控制； TS=测试样品

表2.各孔试剂组成

1.根据表 1和表 2 中提供的布局准备 ssDNA 标准 (NS)、空白对照 (BL) 和测试样品 (TS)。对于 384 孔板，每孔使用 25 μL 试剂，而不是 100 μL。
2.将 100 µL Helixyte Green ssDNA 工作溶液加入 ssDNA 标准品、空白对照和测试样品的每个孔中，使测定体积为 200 µL/孔。 对于 384 孔板，将 25 µL 的 Helixyte Green ssDNA 工作溶液添加到每个孔中，以获得 50 µL/孔的总体积。
3.在室温下避光孵育反应 5 到 10 分钟。
4.使用 Ex/Em = 490/525 nm（Cutoff在 515 nm）处的荧光酶标仪检测荧光增加。

图示

图 1. 使用 Helixyte Green ssDNA 试剂在 96 孔黑色实心板中测量 ssDNA 剂量反应。